En esta temporada son destacables las victorias en el Coliseum contra el Real Madrid y en San Mamés contra el Athletic Club. En la siguiente temporada el Getafe C. F. no aprovecha el regalo de la anterior campaña y tras un primer tercio aceptable el equipo comenzó a acumular malos resultados y pronto cayó a puestos de descenso y a pesar de tener numerosas ocasiones para salir de puestos de descenso y desaprovecharlas el equipo llega al tramo final de la temporada a dos puntos de la salvación, pero un desastroso tramo final donde solo suma tres empates en los últimos doce encuentros sepulta sus opciones de permanencia, finalizando en penúltima posición y jugando su último partido ya descendido a Segunda División B en el Coliseum contra el Atlético de Madrid que luchaba por un ascenso que no consiguió aquella temporada. Finaliza en decimotercer puesto con 47 puntos, llegando a los octavos de final de la Copa del Rey. La temporada 2006-07 vuelve a quedar noveno con 52 puntos, y sorprendentemente se planta por primera vez en la final de la Copa del Rey tras eliminar a Xerez C. D., Valencia C. F., C. A. Osasuna y F. C. Barcelona, contra el cual volteó una semifinal que se había complicado mucho en el partido de ida (5-2 en el Camp Nou donde Messi metió un gol considerado copia del gol de oro de Maradona), endosándole un 4 a 0 en el Coliseum.
El 13 de noviembre de 1997 se derriba el Estadio Municipal Las Margaritas para la construcción del actual campo Coliseum de Getafe, que lleva el nombre del exjugador internacional del municipio y que se inauguraría el 30 de agosto de 1998. Durante ese tiempo el equipo jugó en las instalaciones del Estadio Juan de la Cierva. Por fin, el 11 de junio de 1994 contra el U. D. Figueras de la mano del entrenador Luis Sánchez Duque se consigue el ansiado primer ascenso a Segunda División, tras finalizar segundo en la liga y superando en la promoción a U. D. Figueras, Deportivo Alavés y Real Club Recreativo de Huelva. El sábado, 19 de junio de 2004 en el estadio Heliodoro Rodríguez López contra el C. D. Tenerife consigue el Getafe C. F. ganar con un resultado de 3 a 5 en el que sobresale especialmente la gran actuación de Sergio Pachón consiguiendo cuatro de los cinco goles del conjunto azulón. Una vez finalizada la temporada 1995-96 el Getafe C. F. se convierte en sociedad anónima deportiva cuyo accionista mayoritario era el Ayuntamiento de Getafe. A causa de que el club estaba preparado tanto en presupuesto como en equipo para jugar en la Segunda B, la temporada 1995-96 desciende quedando en décima novena posición con treinta y dos puntos, siete victorias, once empates y veinte derrotas.
La temporada 1994-95 es la primera del Getafe C. F. en la Segunda División y sufre el cambio de categoría obteniendo un decimoctavo puesto con solo cinco victorias y hasta veinte empates. En la temporada 1990-91 el Getafe C. F. finaliza en cuarto puesto en la liga regular disputando la promoción con el Real Racing Club de Santander, Cartagena F. C. y Córdoba C. F., quedando el equipo azulón en tercera posición del grupo y ascendiendo el Racing de Santander. Tanto la web como la atención al cliente son en español y las entradas las envían en PDF o accedes desde el móvil (al comprar, recibes un email de confirmación, kobe bryant replica jersey pero las entradas suelen enviarlas unos días antes del partido). La temporada 2003-04 es una de las más importantes de la historia del club. Esto le hace al entrenador del Getafe C. F. merecedor del primer Trofeo Miguel Muñoz. Trofeo Cristo de la Salud (1): 2022 (como Getafe Club de Fútbol «B»).