La temporada 2014-15 comenzó con una decepción para el Napoli de Benítez, que no pudo acceder a la fase de grupos de la Liga de Campeones al perder la eliminatoria frente al Athletic Club, por lo que el club italiano se convirtió automáticamente en participante de la fase de grupos de la Europa League. ↑ «Bayern M. 2-3 Inter: we’re in the quarters» (en italiano). ↑ «Bayern men dominate 2009-10 players’ awards» (en inglés). ↑ a b «Los campeones del Mundo de fútbol ya tienen la Real Orden del Mérito Deportivo». Así, culminada la temporada Pizarro, también llamado «Pizagol», obtuvo los siguientes títulos de la mano del Bayern de Múnich: campeón nacional alemán 2002/2003 en la Bundesliga de la Primera División y en la Copa Alemana, así como la clasificación a la Liga de Campeones 2003/2004, la misma que jugaría por tercera vez. Tres temporadas después, ellos ganaron el título de la segunda división. Una semana después, los peruanos volvieron a disputar un partido con los ecuatorianos, y en este partido Claudio abrió el marcador con sus goles para la selección nacional.
El 6 de abril del 2013, Claudio Pizarro se consagró nuevamente campeón en la Bundesliga. En la temporada 2008-2009, Pizarro acumuló 28 goles en 46 encuentros, camiseta del chelsea de los cuales 7 los marcó a nivel continental. El escenario fue el mítico Estadio de Wembley con goles de Mario Mandžukić y Arjen Robben en los últimos minutos el Bayern de Múnich conquistó su Champions League número 5. Claudio Pizarro fue uno de los más felices tras salir campeón de la Champions League. Ambos se dieron un fuerte abrazo y dejaron la amistad por noventa minutos. Sin embargo, el 11 de mayo de 2005, el mediocampista se perdió durante un partido de la Copa de Noruega contra Klemetsrud, que no había sido seleccionado para el partido, pero había estado observando desde las gradas. El 20 de mayo de 2007, Bayern de Múnich anunció que Pizarro dejaría el club. El Bombardero decidió volver esta temporada al Bayern de Múnich por una sola razón: salir campeón de la Bundesliga, Copa de Alemania y Champions League. Es el futbolista extranjero con más partidos disputados en la historia de la Copa de Alemania. Müller ha estado en el once inicial en los primeros ocho partidos calificadores de Alemania para la Eurocopa 2012, todos acabaron en la victoria.
Fue incluido en el «Once Ideal» de la FIFA del 2010. En los octavos de final de la Liga de Campeones se enfrentó al Bayern Múnich y en el partido de vuelta anotó un gol para ayudar a su equipo a pasar de ronda. En el primer partido con los bolivianos, que terminó en empate con marcador de 2-2, Claudio marcó el primer gol con la camiseta de su selección desde el punto de penalti. Por eso es que dije lo que dije cuando dejó Alianza y se fue a Alemania, que el equipo perdía más del 50% de su capacidad ofensiva y que ahora iba a ser mucho más difícil campeonar. El 6 de marzo de 2011, anotó su gol 138 en el fútbol alemán, en la victoria del Werder Bremen ante el Friburgo; superando así al famoso goleador alemán Uwe Seeler en el ranquin de los goleadores históricos de la Bundesliga. Su actuación en el equipo alemán dio un saldo positivo al marcar 17 goles en 26 partidos jugados. El 8 de agosto, Claudio anotó cinco goles ante Unión Minas.